Master Microbiologie : programme, parcours, débouchés

L’admission en Master Microbiologie se fait pour la première année (M1) via la plateforme nationale Mon Master, sur dossier, à partir d’un niveau bac+3 (180 ECTS). Un entretien téléphonique peut compléter l’examen du dossier selon les universités. L’admission en deuxième année (M2) se fait ensuite, selon les établissements, via une plateforme de candidature propre (par exemple eCandidat).

La mention s’adresse en priorité aux titulaires d’une licence Sciences de la Vie (SV) ou Sciences de la Vie et de la Terre (SVT), ayant acquis un socle solide en notions moléculaires (biologie moléculaire, biologie cellulaire, biochimie, génétique, génomique) et désireux de se former à la démarche expérimentale. Une admission par validation des acquis (VAE, VAP) ou avec une expérience professionnelle équivalente reste possible.

Le dossier de candidature doit démontrer une cohérence entre le parcours antérieur du candidat, son socle scientifique en sciences de la vie, et son projet d’intégration professionnelle ou de poursuite en recherche.

Comment se déroule la sélection ?

La commission d’admission examine chaque dossier selon trois grands axes : la solidité du socle scientifique en biologie moléculaire, cellulaire et génétique, la cohérence du projet professionnel du candidat avec les domaines d’application de la microbiologie (santé, agroalimentaire, environnement, biotechnologie), et, selon les universités, un entretien permettant d’évaluer la motivation et l’aptitude à la démarche expérimentale.

Après l’admission en M1, l’accès au M2 se fait généralement sous réserve de la validation du M1 et du choix d’une orientation (par exemple santé, agroalimentaire, biotechnologie ou environnement selon les universités).

Le programme du Master Microbiologie articule un socle commun de M1 (métabolismes microbiens, génétique, génomique, régulations génétiques, biologie des Archaea et des Bacteria, bio-informatique) avec une spécialisation progressive en M2 selon l’orientation choisie (santé, agroalimentaire et biotechnologie, environnement, ou microbiologie fondamentale). La formation repose largement sur l’apprentissage par la recherche et par projet, avec des enseignements transversaux (anglais, préparation aux dossiers de candidature) et un adossement à de nombreux laboratoires (CNRS, IFREMER, INRAE). Un stage de 2 mois clôture le M1, suivi d’un stage de recherche de 6 mois en M2, en laboratoire académique ou en entreprise, donnant lieu à un mémoire et une soutenance.

L’alternance reste peu répandue sur cette mention, qui repose avant tout sur une logique de formation à et par la recherche. La professionnalisation se construit surtout à travers des stages obligatoires en laboratoire : un premier stage de 2 mois en fin de M1, en France ou à l’étranger, puis un stage de recherche de 6 mois en M2, en laboratoire académique ou en entreprise, selon l’orientation professionnelle ou recherche choisie par l’étudiant. Certains parcours à visée industrielle (biotechnologies, contrôle qualité) peuvent proposer des modalités d’alternance selon les universités et les partenariats locaux.

Les diplômés du Master Microbiologie s’insèrent principalement dans les secteurs de la recherche et du développement, en tant qu’ingénieurs d’études dans des établissements publics à caractère scientifique ou technique, ou comme responsables, chefs de projet ou chargés de développement dans le secteur privé (pharmaceutique, agroalimentaire, biotechnologie).

Une insertion est également possible dans le contrôle qualité, en tant que responsable de laboratoire ou agent de maîtrise dans des organismes publics de conseil et de services ou des établissements privés. D’autres débouchés incluent les postes de chargé de projet, chef de projet, ingénieur R&D en microbiologie, attaché de recherche clinique, assistant ingénieur ou ingénieur procédés en biotechnologie. Avec l’expérience, certains évoluent vers des postes de chercheur ou d’enseignant-chercheur à haut niveau de responsabilité.

Le Master Microbiologie est proposé par de nombreuses universités françaises, chacune déclinant la mention nationale dans un ou plusieurs parcours spécifiques.

Aix-Marseille Université propose deux parcours complémentaires (Microbiologie intégrative et fondamentale, et Ingénierie et biotechnologies microbiennes), avec un master labellisé « Recherche » et « International » offrant des doubles diplômes avec l’Université La Sapienza (Italie) ou Polytech Marseille.

Université de Rennes et l’Université de Bretagne Occidentale co-accréditent un parcours « Microbiologie fondamentale et appliquée », adossé à des unités de recherche du CNRS, de l’IFREMER et de l’INRAE, avec 4 orientations possibles en M2 (agroalimentaire-biotechnologie, santé, environnement).

Université Claude Bernard Lyon 1, l’Université Clermont Auvergne et l’Université de Caen Normandie proposent également un Master Microbiologie, ce dernier avec un parcours spécifique « Santé, Bien-être et industrie ».

Université de Strasbourg et l’Université de Toulouse proposent la microbiologie comme parcours au sein d’un Master Sciences du vivant ou Biotechnologies, avec des volumes de candidatures parmi les plus élevés de la discipline.