Le Master Bio-informatique : programme, admission, débouchés…

L’admission en Master Bio-informatique se fait exclusivement via la plateforme Mon Master, en première année (M1). Le master recrute des étudiants aux profils volontairement variés : licences de biologie, de sciences de la vie, d’informatique, de mathématiques, de chimie ou de licences bi-disciplinaires combinant deux de ces domaines.

La sélectivité varie fortement selon les universités et les parcours. À titre d’exemple, le parcours M1 Bio-informatique et biostatistiques de l’Université Paris-Saclay a comptabilisé 519 candidatures pour 24 places en 2025, tandis que le parcours Biologie Informatique de l’Université Paris Cité proposait 30 places en formation initiale pour 406 candidats la même année.

L’entrée directe en M2 reste possible dans certains établissements pour les candidats ayant déjà une connaissance de base en programmation, en biostatistiques et en biologie, ou pour les titulaires d’un diplôme jugé équivalent (bac+4, expérience professionnelle).

Comment se déroule la sélection ?

Chaque université examine les candidatures selon trois grands axes de critères : la cohérence académique du dossier (relevés de notes, matières suivies en licence), le projet professionnel exposé dans la lettre de motivation, et, selon les établissements, un entretien de motivation permettant d’évaluer la capacité du candidat à assumer la double compétence biologie/informatique exigée par la formation.

Des passerelles existent entre les parcours d’une même université en fin de M1, notamment entre les parcours orientés biologie et ceux orientés informatique, sous réserve de validation des enseignements de mise à niveau. Certains établissements acceptent aussi, sur validation des acquis, des candidats en reprise d’études justifiant d’une expérience professionnelle équivalente.

Le M1 pose un socle commun pluridisciplinaire, avec des mises à niveau différenciées en biologie, informatique et mathématiques selon le parcours d’origine de chaque étudiant : programmation (Python, R), algorithmique, bases de données, biologie moléculaire, biostatistiques et introduction à la bioinformatique. Le M2 permet une spécialisation progressive selon le parcours choisi par chaque université : bioinformatique des omiques (génomique, transcriptomique, protéomique), bioinformatique structurale, biologie systémique, ou encore drug design et modélisation des macromolécules. Les enseignements combinent cours magistraux, travaux pratiques sur des données réelles, projets tutorés collectifs et individuels, ainsi qu’un stage obligatoire chaque année (2 à 3 mois en M1, 4 à 6 mois en M2).

L’alternance est proposée dans certains parcours, le plus souvent à partir de la 2e année (M2), par exemple dans le parcours Biologie Informatique de l’Université Paris Cité. Elle reste minoritaire par rapport à la formation initiale ou continue et dépend fortement de l’université et du parcours visés : le nombre de places en apprentissage est généralement très restreint (parfois 5 places seulement), ce qui rend cette voie particulièrement sélective.

Le Master Bio-informatique confère le grade de master et permet, comme tout diplôme national de master, une poursuite en doctorat comme une insertion professionnelle immédiate. La poursuite en doctorat s’adresse principalement aux profils orientés recherche, désireux d’approfondir un sujet de bioinformatique, de génomique ou de biologie computationnelle au sein d’un laboratoire académique.

D’autres diplômés choisissent de compléter leur formation par une spécialisation courte (mastère spécialisé, diplôme d’ingénieur en admission parallèle) avant de s’insérer sur le marché du travail, notamment pour renforcer une compétence technique précise (cloud computing, IA appliquée à la santé).

Les diplômés du Master Bio-informatique occupent des postes d’ingénieur d’études en bio-informatique, de bioinformaticien, de chargé d’études en bio-informatique et traitement de l’information, ou encore de développeur d’applications informatiques à visée scientifique et biomédicale. D’autres évoluent vers des fonctions d’administrateur de bases de données ou de conseiller bio-informaticien.

Les recruteurs se situent principalement dans les secteurs de la recherche-développement scientifique, de la programmation et du conseil informatique, du traitement de données et hébergement, ainsi que dans les activités pour la santé humaine : entreprises pharmaceutiques et de biotechnologie, fonction publique spécialisée (CNRS, INSERM, INRAE, CEA, hôpitaux), sociétés de services informatiques et grands groupes industriels.

Un bioinformaticien débutant perçoit généralement entre 2 200 et 2 600 € brut par mois, ce salaire pouvant atteindre 4 700 à 5 800 € brut par mois avec plusieurs années d’expérience (source : Hellowork, CIDJ). Un ingénieur en bioinformatique démarre plutôt autour de 2 580 à 3 100 € brut par mois, pour progresser vers 5 300 à 6 900 € brut par mois en fin de carrière (source : Hellowork).

À titre indicatif, l’Université Paris Cité annonce, pour son parcours Biologie Informatique – Ingénierie de Plateforme en Biologie, un taux d’insertion de 80 % à 2 mois et de 100 % à 6 mois, ainsi qu’un salaire d’embauche annuel moyen d’environ 24 000 € (chiffres propres à cet établissement, non généralisables à l’ensemble de la mention nationale).

Le Master Bio-informatique est une mention nationale portée par douze universités publiques, chacune proposant ses propres parcours de spécialisation dès la 2e année.

Université Paris-Saclay : parcours M1 BIBS – M2 AMI2B (Orsay), orienté informatique avancée pour la biologie, génomique comparée et bioinformatique de l’ARN ; et parcours M1/M2 GENIOMHE (Evry), enseigné en anglais, orienté génomique avancée et intelligence artificielle appliquée à la santé.

Université Paris Cité : parcours Biologie Informatique – Ingénierie de Plateforme en Biologie (M1 BI-IPFB, M2 BI) et parcours In Silico Drug Design – Modélisation des Macromolécules, orientés respectivement vers l’analyse de données biologiques massives et la conception assistée par ordinateur de molécules.

D’autres universités proposent également cette mention : Aix-Marseille (parcours Développement logiciel et analyse des données, et Computational and Mathematical Biology en anglais), Bordeaux, Clermont Auvergne, Lille (parcours Méthodes informatiques et statistiques pour les omics, OMICS and systems biology), Claude Bernard Lyon 1, Montpellier, Nantes, Rennes, Rouen Normandie et Toulouse.